Güneydoğu Anadolu bölgesinin gölleriGüneydoğunun iki önemli akarsuyundan biri olan Fırat, kaynağını Doğu Anadolu Bölgesi’nden alır. Bölgede ise Toroslar’dan gelen Kahta ve Karadağ’dan gelen küçük akarsularla beslenir. Güneydoğu Toroslar’ın güneye bakan yamaçlarından birçok kol halinde çıkan Dicle Nehri ise bölgenin diğer önemli akarsuyudur. Her iki akarsu da Basra Körfezi’ne sularını boşaltırlar.
Bölgede doğal oluşumlu göl yoktur. Ancak Fırat ve Dicle üzerinde kurulmuş baraj gölleri bulunmaktadır. Bölgenin ve ülkenin 2. en büyük baraj gölü olan Atatürk Barajı bu bölge sınırları içinde yer alır.
